Es war der Startschuss für die bundesdeutschen Seestreitkräfte: Am 3. Januar 1956 lief in Wilhelmshaven die Grundausbildung der ersten Marinesoldaten an. Die erste Lehrkompanie der neuen Marine war 130 Mann stark. Korvettenkapitän Franz-Georg Reschke, U-Boot-Kommandant im Zweiten Weltkrieg, leitete die Ausbildung.
Zu Beginn hatte die Bundesmarine nur vier Kutter und zwei Verkehrsboote. Ausgebildet wurde daher zunächst auf Schiffen des damaligen Seegrenzschutzes, der im selben Jahr in die Bundesmarine überführt wurde. Die USA unterstützten den Aufbau der Marine durch Lieferung von Waffen und Gerät. Bis 1950 waren fast alle militärischen Anlagen in Wilhelmshaven, die den Krieg überstanden hatten, demontiert oder zerstört worden.
Grundlage für den Dienstantritt am 3. Januar war das Freiwilligengesetz, das im Juli 1955 gegen die Stimmen der SPD verabschiedet worden war. Als Übergangsgesetz sollte es den personellen Aufbau der Bundeswehr vorbereiten, indem es die Einstellung von bis zu 6.000 Freiwilligen regelte. Es wurde im April 1956 vom Soldatengesetz abgelöst. Fortan war die Übernahme der freiwilligen Soldaten zum Berufssoldaten möglich.
In den ersten Jahren bestanden die Hauptaufgaben der bundesdeutschen Marine darin, im Krieg gelegte Seeminenfelder zu räumen, Schifffahrtswege im Nordatlantik zu sichern und die Grenzen zur Sowjetunion zu überwachen. Hierfür wurde bald nach der Gründung die Aufrüstung zur Hochseemarine angestrebt.
Spätestens in den 1970er Jahren galt die Bundesmarine als gleichberechtigter Partner unter den Nato-Seestreitkräften. Heute ist Wilhelmshaven der größte Standort der Bundeswehr und einer der größten Marinestützpunkte Westeuropas.
Die Entstehung Wilhelmshavens ergab sich unmittelbar aus der Gründung eines preußischen Nordsee-Stützpunktes seit 1853 am Jadebusen. Nach der Reichsgründung 1871 hatte die Stadt großen Anteil am Ausbau der Kaiserlichen Marine zur zweitstärksten Seestreitkraft der Welt.