Bei der Suche nach einem Endlager geht es vorrangig um die hochradioaktiven Abfälle. Endlager für schwach und mittelradioaktiven Atommüll sind bereits im Bau oder im Betrieb.
In Salzgitter baut die Bundesgesellschaft für Endlagerung (BGE) das ehemalige Eisenbergwerk Schacht Konrad zum Endlager für schwach- und mittelradioaktiven Müll aus. Dort sollen 303.000 Kubikmeter Nuklearabfälle aus Atomkraftwerken, Forschungsinstituten, Krankenhäusern und der Industrie eingelagert werden. Das Lager sollte schon 2013 in Betrieb gehen. Nach immer neuen Verzögerungen ist der Betriebsbeginn derzeit für die 2030er-Jahre geplant. Gegen Konrad sind noch Klagen von Umweltverbänden anhängig.
Das stillgelegte Salzbergwerk Asse bei Wolfenbüttel galt zunächst als „Versuchsendlager“. Zwischen 1967 und 1978 ließ die Bundesrepublik dort 126.000 Fässer mit schwach radioaktivem und 1.300 Fässer mit mittel radioaktivem Atommüll sowie chemische Abfälle einlagern. Seit Jahrzehnten dringt Salzlauge in das Bergwerk ein, es gilt als instabil und einsturzgefährdet. Die Abfälle sollen deshalb wieder an die Oberfläche geholt werden. Weil Schacht Konrad dafür keine Genehmigung hat, müsste für den Asse-Müll ein weiteres Endlager gebaut werden.
Das Lager Morsleben nahe der ehemaligen innerdeutschen Grenze in Sachsen-Anhalt war das Endlager der DDR, mit der Wiedervereinigung ging es in den Besitz des Bundes über. In dem Salzstock lagern rund 37.000 Kubikmeter schwach radioaktiver und mittel radioaktiver Atommüll. 1998 verhängte das Oberverwaltungsgericht Magdeburg einen Einlagerungsstopp, derzeit läuft das Verfahren zur endgültigen Stilllegung. Auch dieses Endlager gilt als einsturzgefährdet.
Der Salzstock Gorleben im Landkreis Lüchow-Dannenberg wurde seit Ende der 1970er Jahre auf seine Eignung als Endlager für hochradioaktiven Atommüll untersucht. Ebenso lange protestierten Atomkraftgegner gegen eine Festlegung auf den nach ihrer Auffassung ungeeigneten Standort. Auch namhafte Geologen bezweifelten seine Tauglichkeit, weil ein Deckgebirge fehlt und der Salzstock Kontakt zum Grundwasser hat. 2020 schied Gorleben wegen geologischer Mängel aus dem Suchverfahren aus. Die Schächte und Stollen des Erkundungsbergwerks werden zurzeit mit Salz zugeschüttet.