In den vergangenen 20 Jahren hat sich der Bestand des Weißstorchs in Deutschland Naturschützern zufolge erfreulich entwickelt. Mit rund 13.600 Paaren gab es 2025 nach Angaben des Geschäftsführers der Vogelschutzwarte Storchenhof Loburg in Sachsen-Anhalt, Michael Kaatz, bundesweit fast viermal so viele Störche wie im Jahr 2005. Damals wurden 3.650 Paare gezählt. Doch eine Vielzahl von Faktoren machen laut Kaatz dem Weißstorch das Leben schwer.
Ein erwachsener Storch benötigt demnach täglich etwa 500 bis 700 Gramm Nahrung. Dazu muss er etwa 15 Mäuse, 20 Frösche oder rund 600 Regenwürmer fangen. Deshalb ist es besonders während der Jungenaufzucht wichtig, dass in direkter Umgebung des Nestes geeignete Feuchtbiotope, Wiesen oder Äcker befinden.
Anhaltende Trockenheit kann zu einem massiven Rückgang des natürlichen Nahrungsangebotes führen. Häufig reagieren Störche darauf, indem sie einen oder mehrere Jungvögel aus dem Nest werfen.
Umgekehrt kann Starkregen während der Jungenaufzucht dazu führen, dass sich das Nest mit Wasser füllt und die Jungstörche ertrinken. Auch bei etwas größeren, aber noch flugunfähigen Jungtieren können Starkregen und Kälteeinbrüche dazu führen, dass das Gefieder durchnässt wird und die Vögel eine Unterkühlung erleiden.
Müssen Felder, Wiesen und Feuchtgebiete für Straßen, Wohnungsbau oder Industrieansiedlungen weichen, verlieren Störche Teile ihres Lebensraums oder müssen weiter fliegen, um ausreichend Nahrung für die Brut zu jagen.
Durch intensive Landwirtschaft mit großen Feldern leidet häufig die Artenvielfalt an Kleinsäugern, Reptilien und Regenwürmern. Ähnliche Wirkung hat der Einsatz von Pflanzengiften und anderen Chemikalien in der Landwirtschaft. Das sinkende Nahrungsangebot wirkt direkt auf die Zahl der Brutpaare und Jungtiere.
Auch an elektrischen Freileitungen im Brutgebiet und auf den Zugwegen Richtung Winterquartier verunglücken jedes Jahr zahllose Störche. Durch Abdeckungen über den Isolatoren und sichere Nisthilfen auf Strommasten können die Vögel vor dem Stromtod bewahrt werden.
Im afrikanischen Winterquartier gefährden Dürren infolge des Klimawandels die Tiere, wenn Heuschrecken, Kleinsäuger oder Fische als Nahrung nicht oder nur unzureichend zur Verfügung stehen. Außerdem werden Störche in Afrika aus der Not heraus gejagt oder vergiftet.
Zunehmend geraten Störche laut Vogelschützern auch durch Gummiringe, Kunststofftüten oder anderen Müll im Kompost in Lebensgefahr. Diese Abfälle zersetzen sich in Kompostieranlagen nicht, werden aber wieder mit dem Humus auf die Felder ausgebracht. Die Störche verwechseln die Gummiringe leicht mit Regenwürmern. Im Magen verklumpen die Abfälle, verursachen Entzündungen an der Magenschleimhaut und führen zu Vergiftungen. Mitunter verhungern die Vögel auch, weil der Magen kein Futter mehr aufnehmen kann.