Die heutige Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz hatte verschiedene Vorgängerkirchen. Mit der Abdankung Kaiser Wilhelms II. 1918 wurde die enge Verbindung von Thron und Altar beendet. Zuvor war der preußische König stets zugleich auch kirchliches Oberhaupt. Damit wurde die preußische Landeskirche als Evangelische Kirche der altpreußischen Union selbständig und gab sich 1922 eine eigene Verfassung. Viele Kirchenvertreter vertraten zu der Zeit nach kirchlichen Angaben deutsch-nationale Positionen.
Die Evangelische Kirche der altpreußischen Union war nach Vorbild der Provinzen Preußens in verschiedene sogenannte Kirchenprovinzen unterteilt. Eine davon war die Kirchenprovinz Mark Brandenburg. In der NS-Zeit kam es auch dort zum sogenannten Kirchenkampf zwischen den regimetreuen Deutschen Christen und der NS-kritischen Bekennenden Kirche.
Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs entstand dort 1945 die Evangelische Kirche in Berlin-Brandenburg. Sie wurde eine selbständige sogenannte Gliedkirche der Evangelischen Kirche der Union, zu der sich nach Kriegsende die Kirchenprovinzen der altpreußischen Union zusammengeschlossen hatten, sowie der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD).
Nach dem Bau der Berliner Mauer in der DDR 1961 entstanden eine West- und eine Ost-Region innerhalb der Landeskirche. 1972 wurde die Wahl jeweils eigener Bischöfe ermöglicht. Nach dem Fall der Mauer 1989 wurde die Landeskirche wieder vereint. 2004 entstand durch den Zusammenschluss der Evangelischen Kirche in Berlin-Brandenburg und der Evangelischen Kirche der schlesischen Oberlausitz die Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz.